Le Japon présente sur le plan hydrologique une situation paradoxale. La montagne s’impose partout, mais l’absence de glaciers a façonné un réseau hydrographique particulier. Les rivières et les fleuves japonais sont courts et se caractérisent par une forte pente. Ils sont anormalement larges, car ils doivent écouler un volume d’eau important en un laps de temps très bref. Le fleuve le plus long, le Shinano Gawa (369 km), se trouve à Honshu. Parmi les autres cours d’eau importants de l’île, il faut citer le Tone (322 km), qui draine la plaine de Tokyo, le Kitakami, le Tenryu et le Mogami. Les principales rivières d’Hokkaido sont l’Ishikari — le deuxième fleuve du pays —, le Teshio et le Tokachi. Le Yoshino est la plus longue rivière de Shikoku. Les rivières participent à l’irrigation des rizières. Les lacs d’origine tectonique ou volcanique sont nombreux : le plus grand est le lac Biwa (674 km2), qui alimente en eau douce Osaka et Kyoto.