La période Kofun tire son nom des grands kofun, les tumulus servant de sépultures aux chefs les plus importants. Vers le Ve siècle, ils prennent des dimensions imposantes, témoignant d’une accumulation de pouvoirs et de richesses. Ces tombeaux ont la forme d’un «!trou de serrure!» et sont jalonnés de cylindres en terre cuite, les haniwa, surmontés de figurines représentant souvent des guerriers. Les plus vastes sépultures (800 m de longueur) ont été découvertes près de Nara et d’Osaka. Il s’agirait des tombeaux des premiers empereurs du Japon. Les recoupements entre les découvertes archéologiques, les chroniques chinoises de la fin de la dynastie Han et les annales japonaises permettent d’accréditer la tradition qui veut qu’entre le IIIe et le Ve siècle se soit formé, au sud de Kyoto, le puissant royaume du Yamato, sous la domination d’une élite aristocratique venue de Corée, qui se serait imposée aux paysans Yayoi. Il est fait mention d’une reine appelée Himiko qui, de sa capitale Yamatai, a étendu son autorité sur de nombreux clans, vers l’an 200 de notre ère. La présence d’une déesse à l’origine de la lignée impériale et les allusions dans les chroniques à des tribus commandées par des femmes suggèrent l’existence d’une société matriarcale. Le shinto se serait constitué dans sa forme primitive à cette époque.
Le royaume du Yamato
Dès le Ve siècle, un clan supplante les autres pour former un puissant royaume : le clan du Yamato. La cour du Yamato domine la région de Nara au centre d’Honshu et semble avoir rayonné au sud et vers les côtes de la mer du Japon. Ce début d’unification des diverses unités tribales, connues sous le nom de uji, se poursuit jusqu’au siècle suivant tandis que le Japon commence à s’ouvrir aux mondes chinois et coréen. Le royaume de Paekche, dans le sud-ouest de la Corée, est un allié de la cour du Yamato. Et c’est par le biais de la Corée que le Japon a bientôt accès à la culture chinoise et au bouddhisme.
Au VIe siècle, la cour du Yamato donne des signes de déclin : incapable d’imposer sa volonté aux uji, elle subit une défaite sur le continent coréen. En 587, l’empereur régnant est assassiné par les membres du clan Soga. Toutefois, la cour du Yamato préside à l’introduction du bouddhisme, que l’on situe en général en l’an 552, date à laquelle le roi de Paekche envoie au Japon des moines bouddhistes. Cette culture s’enracine très fortement dans l’archipel et dès le VIIe siècle, le bouddhisme devient la religion officielle du Japon.
La période d’Asuka
La période d’Asuka, qui doit son nom à la principale résidence de la cour, débute avec l’accession au trône de l’impératrice Suiko (593-628). Son neveu, le prince Shotoku, prend l’initiative de réformes destinées à moderniser le pays. En 603, il fait promulguer un code législatif de 17 articles, fixant notamment les échelons de la hiérarchie des fonctionnaires. Les efforts déployés par Shotoku pour stimuler l’établissement du bouddhisme à travers le pays favorisent la propagation de la culture chinoise et la formation d’une élite sinisée.
Les réformes de Shotoku sont poursuivies par ses successeurs : le prince Nakano Oe, qui devient plus tard l’empereur Tenji, et Nakatomi Kamatari — fondateur de la dynastie noble des Fujiwara — qui, en 645, renverse le clan Soga et inaugure le code Taika. Cette réforme a pour objectif de renforcer le pouvoir de la maison impériale et d’affaiblir les clans. L’administration du royaume se fait désormais selon le modèle chinois. Les nouvelles mesures adoptées sont codifiées dans ce que l’on appelle alors le système ritsu-ryo, divisé en ritsu (ou code criminel) et ryo (code civil et code administratif), lesquels imposent à tout le pays une structure étatique élaborée et centralisée